Desde el 1 de enero de 2005, el acceso al público a la isla de Sipadan fue cerrado y los resorts fueron trasladados a otras islas, estableciéndose desde ese momento unos cupos diarios de buceo en la isla. Toda entrada tanto de visitantes o buceadores a la isla de Sipadan está sujeta a la aprobación del Sabah Parks Management, que es el responsable de la emisión de los permisos. En estos momentos el total de buceadores o visitantes permitidos está restringido a 120 personas por día, aunque existen rumores sobre la posibilidad de que dicho cupo pudiera ser aumentado próximamente. La tasa de entrada a la isla de Sipadan es de RM 40.00 por persona y día para buceadores, no buceadores, visitantes y niños (sujeto a cambios sin previo aviso).

La tasa debe ser pagada directamente en destino y en moneda local Si por el contrario, el permiso diario de entrada en la isla de Sipadan es denegado, los resorts y crucero de buceo ofrecerán los servicios de buceo en otras islas del Parque Marino como Si Amil, Mataking, Roach Reefs, Ligitan Island, Kapalai o Mabul donde no hay restricciones para esas islas.