Las islas de la Bahía poseen un agradable clima tropical. La época de lluvia suele ser de mayo a junio y de octubre a noviembre. La temperatura del agua en la zona oscila entre los 25º y 28º C y la del aire entre 16º y 30º C dependiendo de la época del año. Sus aguas son claras ofreciendo una visibilidad de hasta 30 metros. El periodo de riesgo de ciclones y huracanes suele ser septiembre y octubre.