Existen datos de la presencia del hombre en estas tierra que se remontan al paleolítico como muestran los restos arqueológicos encontrados. De la época romana se conservan unas termas que han sido objeto de especulaciones y leyendas. Según una leyenda fue el príncipe de Troya Eluhl Urces quien fundó la población portuaria de Urces, y que más tarde los romanos denominarían Urcis. Pero el nacimiento de la ciudad como tal data del año 1785 cuando el Conde de Florindablanca, Aranda y Villanueva decidieron fundar Águilas como una ciudad portuaria.
Su historia está marcada por el ferrocarril, ya que era necesario debido a que sus fuentes de riqueza las componían la agricultura y los minerales. La economía de la ciudad se basa en el turismo y en la exportación de productos hortofrutícolas.