El clima de Afganistán presenta diversas variaciones regionales y estacionales, lo que provoca una fauna y flora variada. Las zonas sobre los 4.000 metros de altura suelen estar deshabitadas y los picos cubiertos por nieves perpetuas. Algunas montañas suelen albergar bosques de cedros y abetos, y, a niveles más bajos, se encuentran acacias y tamariscos. En determinadas zonas abundan los árboles frutales, muchos de ellos silvestres.
En las zonas más bajas existen pequeños arbustos y muy pocos árboles. En los valles habitan numerosos animales como lobos, zorros, leopardos nivales, osos, ibis, perros salvajes y gatos montés.