La evidencia de la presencia humana en las regiones del norte de África se remonta de uno o dos millones de años. Los bereberes (antiguamente más conocidos como libios ocuparon la región desde hace unos 8000 años). Los fenicios se asentaron en la costa alrededor de 1000 A.C. y la ciudad de Cartago, cerca de lo que hoy es Túnez, se fundó en el siglo IX A.C.
Qairuán fue fundada en el año 670, cuando el árabe Uqba Ibn Nafi (622-683) quien fuera omeya, seleccionó un sitio en medio de un denso bosque, en aquel entonces era un lugar salvaje lleno de reptiles y fieras, para poder usarlo como una base para realizar operaciones militares, y dejarlo lo suficientemente lejos del mar para que estuviera a salvo de los continuos ataques de los bereberes los cuales habían resistido ferozmente a la invasión árabe. Qairuán se convirtió en un elemento esencial de la conquista islámica de Ifriqiya, el cual es considerado el área que comprende las regiones costeras de lo que se convirtiera en Libia occidental, Túnez y Argelia oriental.
Sin embargo finalmente los bereberes capturaron Qairuán en 688, y nuevamente en 745, momento en el cual era una ciudad desarrollada con jardines exuberantes y olivares.
Las luchas de poder continuaron hasta que Ibrahim Ibn Al-Aghlab (756-812) recapturó Qairuán a fines del siglo VIII. En el año 800, Ibrahim fue confirmado emir y gobernante hereditario de Ifriqiya, por el califa en Bagdad. La dinastía de Aghlab gobernó Ifriqiya entre 800 y 909. Qairuán entonces comenzó a prosperar, con una riqueza comparable a la de Basora y Kufa, dando a Túnez una de sus edades de oro.
El emir aglabi Ziyadat Allah Reconstruyo la gran mezquita en el año 836.
La mezquita por dentro era una universidad que llego a convertirse en un centro de pensamiento islámico y de ciencias seculares, atrayendo a académicos de todo el mundo islámico, incluidos a Imam Sahnun (776-854) y Asad Ibn Al-Furat (759-828). Durante su tiempo se construyeron palacios, fortificaciones y obras sanitarias de gran calidad, y conquistaron finalmente Sicilia en el año 827 D.C.
Sin embargo los emires aglabíes disfrutaron de excesos personales y políticos, especialmente por la trata de esclavos, lo que provocó el surgimiento de la escuela maliki que es una de las cuatro escuelas de fiqh (ley religiosa o jurisprudencia) dentro del islam sunni. Uno de los papeles de esta escuela fue comenzar a regular la trata de esclavos para evitar que se cometieran injusticias a dichos esclavos por parte de sus dueños.
En 893, los bereberes del oeste del país iniciaron el movimiento fatimí shiíta. Abdullah al-Mahdi Billah en 909 derrocó a los alabies sunitas, creando la dinastía shiita de los fatimies. Qairuán fue olvidado cuando Obaid Alá, quien gobernó desde 910-934, residió primero en Raqqada pero pronto trasladó su capital a al Mahdiyah, fundada en 916, en la costa de la moderna Túnez.
Los fatimíes extendieron su dominio sobre todo el Magreb central, un área que incluye el actual Marruecos moderno, Argelia, Túnez y Libia, y se trasladaron al oeste de Egipto para finalmente llegar a fundar El Cairo, convirtiéndolo en la capital de su vasto califato y dejando a los ziríes, una dinastía bereber de Kutama , como sus vasallos en Ifriqiya.
Gobernando de nuevo desde Qairuán, los fatimíes gobernantes, la dinastía bereber de los ziríes, condujeron al país a través de un apogeo artístico, comercial y agrícola. Las escuelas y las universidades llegaron a florecer, el comercio exterior de manufacturas locales y el incremento de los productos agrícolas se incrementaron, y los tribunales ziríes fueron centros de refinamiento que eclipsaron a los de sus contemporáneos europeos.
En los años de 947 a 948, el tercer califa, Al-Mansur, fundó la nueva ciudad de Sabra al-Mansuria, que estaba a una distancia de 1.5 kilómetros al sur de Qairuán. Sin embargo, el califato fatimí se transfirió finalmente a El Cairo en 972.
Sin embargo los ziríes acabaron por convertirse al islam sunita en el año de 1045, acabando por declarar su independencia de El Cairo dando su lealtad a Bagdad. El califa Fatimí Abū Tamīm Maad al-Mustanṣir bi-llāh (1029-1094) envió hordas de tribus árabes (entre ellas las tribus de Banu Hilal y Banu Sulaym) para invadir Ifriqiya.
Durante el año de 1057, Qairuán fue invadida y saqueada. Qairuán declinó en una ciudad de mercado aislada para los nómadas, aunque conservó su condición de ciudad religiosa del Magreb.
En 1159, Túnez fue conquistada por los almohades, quienes fueran los califas de Marruecos (1130-1269), buscando purificar las doctrinas islámicas. Desde 1160, se convirtió en la capital de Túnez.
La dinastía de los almohades fue sucedida por la dinastía hafsies (1230-1574), bajo la cual prosperó Túnez. En los últimos años de los hafsies, España se apoderó de muchas de las ciudades costeras, pero el imperio otomano las recuperó para el islam. El imperio otomano estaba compuesto principalmente de turcos con gobernadores o beys, bajo los cuales Túnez logró una independencia de tipo virtual.
A fines del siglo XVI, la costa se convirtió en un bastión pirata. La piratería llevada a cabo posteriormente por las tribus del Norte de África comenzó como parte de las guerras contra España. En los siglos XVII y XVIII, cuando el dominio turco sobre la zona se debilitó, el saqueo, el rescate y los esclavos que resultaron de los ataques a ciudades y barcos mediterráneos y de incursiones ocasionales en el Atlántico se convirtieron en la principal fuente de ingresos para los gobernantes musulmanes locales .
En la primavera de 1881, Francia invadió Túnez, alegando que las tropas tunecinas habían cruzado la frontera hacia Argelia, la principal colonia de Francia en el norte de África. El mando central francés, controlaba el país hasta 1956, habiendo establecido un sistema de administración de protectorado que reconocía la autoridad nominal del gobierno local.
La resistencia violenta al dominio francés se intensificó en 1954. Sin embargo finalmente la independencia de Francia se logró el 20 de marzo de 1956, como una monarquía constitucional con el bey de Túnez, Muhammad VIII al-Amin, tomando finalmente el título de rey de Túnez.
Poco tiempo después la monarquía fue suprimida por el parlamento y por Habib Bourguiba (1903-2000) llegándose a convertir en el primer ministro, estableció un estado estricto bajo el partido neo-destour (nueva constitución). Dominó el país durante 31 años, reprimiendo el fundamentalismo islámico y estableciendo derechos para las mujeres sin igual como en ninguna otra nación árabe.