La existencia de dólmenes y otras formas de enterramiento del Calcolítico en lugares como Encinas, Borrachas y Montero han aportado datos acerca de la presencia del hombre en estas tierras desde tiempos remotos. También se han encontrado restos de cerámica romana en parajes como La Vasija y La Mimbre, pero la fundación como tal del pueblo data del año 711, llegando a ser uno de los núcleos musulmanes de población más importantes de la Serranía de Ronda. Después de la Conquista y posterior expulsión de los moriscos, Alpandeire sufrió un despoblamiento que hizo a Felipe III publicar un decreto para su repoblación. Uno de los hijos ilustres de la localidad, es hoy venerado por miles de fieles en la Iglesia de los Capuchinos de Granada. Se trata del fraile Leopoldo de Alpandeire, célebre por su bondad y cuyo proceso de beatificación se inició a los pocos años después de su muerte en 1956.