Alquézar debe su nombre y su origen a una fortaleza musulmana que fue construida por Jalaf Ibn Rasid en el siglo IX. En esta época se convirtió en un Waliato independiente que se llamó "al-Qasr Banu Jalaf" o "castillo de los descendientes de Jalaf".
En el año 1065 fue reconquistada por Sancho Ramírez. Años más tarde, en el 1099, es consagrada la iglesia de la colegiata y Alquézar se convierte en un importante centro religioso.