La larga historia de Aqaba se remonta a tiempos pre-bíblicos, cuando era conocida como Ayla. Según el Antiguo Testamento, la base naval fue construida por el rey Salomón en Ezion Geber, a tan sólo 3 kilómetros de la moderna ciudad de Aqaba. A principios del año 106 dC, el imperio de los romanos, que gobernaron la región desde su base en Siria, también usaron Ayla como su puerto comercial, hasta que a los comienzos del siglo IV cayó bajo el control del Imperio Bizantino. En el periodo bizantino designaron a la gran mayoría árabes cristianas
del sur de Arabia para dominar la ciudad portuaria en su nombre.

Durante la Edad Media pasaron años turbulentos para Ayla. En el siglo XII, los cruzados conquistaron la ciudad. Construyeron un fuerte enorme que rodea la ciudad en la isla Farun, conocida también entonces como Ile de Graye . Ayla fue recuperada por los musulmanes, liderados, en aquel entonces, por Saladino en 1183 y el fuerte pasó a ser conocido como el castillo de Saladino.


Cuando los sultanes mamelucos egipcios gobernaron la región, cambiaron el nombre de la ciudad a Aqaba y, en el siglo XIV, fundaron el famoso fuerte mameluco conocido como Fuerte de Áqaba o Castillo mameluco . En 1917 Aqaba fue arrebatada a los otomanos por las fuerzas árabes y Thomas Edward Lawrence. Al final de la Primera Guerra Mundial, los británicos colocaron Aqaba para Jordania.

Resulta de especial interés medieval y arqueológico la primitiva ciudad de Ayla. El acceso está permanentemente abierto. Merece una visita si se está por la region ya que contiene interesantes ruinas.