Los lagos Baringo y Bogoria fueron visitados por caravanas de esclavos en el siglo XIX. Las huellas del Fort Baringo aún estaban visibles. La primera descripción del lago fue realizada por Joseph Thomson en 1883. Nueve años después, en 1892, el geólogo inglés J.W. Gregory explicó la formación del Rift Valley a partir de sus observaciones en Baringo.
A pesar de haber sido nombrado la cuarta zona de Ramsar de Kenia en enero de 2002, el entorno ha sufrido numerosos daños: la construcción de diques de riego, las sequías, el encenegamiento causado por la erosión del suelo en torno a los luggas (arroyos) o la excesiva pesca han debilitado en gran medida el entorno. En los últimos años el nivel del agua ha subido pero aun así se temen nuevas sequías.