"Baton Rouge", "Palo Rojo" en francés, hace referencia a la marca que los indios americanos dejaron en la orilla este del Mississippi para delimitar su territorio y sus zonas de caza, según algunos, y como símbolo ceremonial, según otros. El palo era una rama de ciprés teñida de sangre que la expedición de Iberville descubrió en 1699.
Los primeros colonos, por tanto fueron de origen francés. Se establecieron y crearon grandes plantaciones de algodón, índigo, arroz y caña de azúcar en las que emplearon mano de obra esclava que traían de África.
En 1849 la capital del estado se trasladó de Nueva Orleáns hasta esta ciudad.
Uno de los gobernadores más famosos del siglo XX fue Huey John, quien tras emprender un ambicioso programa de reformas y de ampliación de la asistencia pública, fue asesinado.
Baton Rouge es también la tierra de uno de los más populares "tele predicadores" americanos: Jimmy Swaagart. A pesar de los escándalos sexuales que protagonizó, Swaggart posee una inmensa fortuna y una escuela en este lugar.