En tiempos de los celtíberos era conocida como Bursau y constituía un centro comercial que llegó a acuñar moneda. Tras la batalla de Caravis (Magallón en la actualidad) fue conquistada por los romanos, quienes hicieron pasar por este lugar la calzada que conducía a Zaragoza desde Tarazona y quienes construyeron varias infraestructuras para aprovechar y conducir el agua del Huecha.
Otro pueblo cuyo paso fue trascendental en la historia de Borja fue el árabe, quienes introdujeron los cultivos intensivos. La dinastía Banu Qasi (descendientes de un noble visigodo convertido al Islam) fue la que gobernó en esta ciudad. En árabe "Burya " significa "fortín".
En 1119 Alfonso I el Batallador conquista la ciudad y cede a la orden templaria y hospitalaria el dominio de la misma. Los musulmanes continuaron residiendo en Borja pero sometidos a los nuevos señores hasta 1610, fecha en la que fueron expulsados, lo que causó una gran crisis económica en la región.
Los cultivos intensivos puestos en funcionamiento por los árabes tienen su continuación en la actualidad en el desarrollo agrícola y económico alcanzado en la actualidad gracias a los regadíos.