En el siglo XII existía en Canillas un conjunto de casas de artesanos árabes que fue el origen a la actual localidad. Se la llamó Albaida, que quiere decir ?blanca?, por la gran cantidad de flores blancas que por entonces poblaban sus campos. Fue reconquistada en 1487 y en el siglo XVI sufrió, como los pueblos de los alrededores, las consecuencias de las revueltas moriscas en la famosa batalla del Peñón de Frigiliana. Tras la derrota, a Canillas de Albaida llegaron pobladores de localidades vecinas y fue entonces cuando comenzó el cultivo de la vid, cereales y olivares.
Actualmente la principal actividad productiva de Canillas son los cereales, la vid y el olivo.