Canjáyar tiene su hueco en la historia de la comarca por haber sido, a partir del siglo XIV, la cabecera de la tahá nazarí de Lúchar. Allí se desarrollaron en 1569 los episodios más cruentos del levantamiento morisco. Por estas tierras pasaron algunos personajes castellanos muy significativos, como Juan de Austria, que sofocaron el levantamiento. En 1804 el pueblo sufrió los efectos devastadores de un terremoto, pero a mediados del siglo XIX, se inició un proceso de recuperación económico con el desarrollo de una fuerte actividad económica.