Los orígenes de esta ciudad se remontan a la Edad de Cobre, pues los hallazgos arqueológicos del Llano de la Virgen, del Cerro de Carranque o del Cerro del Aljibe demuestran la presencia del hombre prehistórico en esta zona. En el período romano la ciudad se denominó Lacibis, pero el nombre actual deriva de Cohine, como la llamaron los árabes. Precisamente fueron estos últimos quienes impulsaron el desarrollo de la localidad a través de la agricultura. Los historiadores coinciden en que la fundación de Coín tuvo lugar durante la época de la dominación musulmana, concretamente en los tiempos de la rebelión muladí de Omar Ben Hafsum contra el Emirato de Córdoba. En este período se construyó Coín junto a la ladera del castillo Castro Dakwan, que hoy se sitúa en el casco antiguo. Más tarde, y motivados por la buena situación económica que estaba consiguiendo Coín, llegaron los judíos que fomentaron el comercio de frutos secos, vino y aceite.
La reconquista cristiana se produjo en Coín en el año 1485. Conoció en esta época años de penuria, sin embargo, la repoblación con cristianos viejos proporcionó a Coín nuevos años de esplendor económico. En este momento se rehabilitan los templos religiosos como la iglesia de Santa María de la Encarnación construida sobre la antigua mezquita de Dakwan. Así mismo se fueron construyendo nuevas ermitas y templos como el de Nuestra Señora de los Ángeles, ubicado en las afueras de la localidad y la ermita de la Veracruz, ubicada en una plaza frente a la calle de la Cruz. En 1541 se fundó el convento de los Agustinos y en 1520 el Hospital de la Caridad.
En la historia de Coín hay que citar las figuras de los obispos de Málaga que atraídos por el clima, el agua y las tierras fértiles de la localidad, se asentaron en ella y construyeron fuentes y el Palacio Episcopal. A partir de esta época el municipio de Coín comienza a sufrir una transformación urbanística importante, pues los nobles construyen sus palacetes y casas señoriales en torno a la Plaza de Santa María, la Plaza alta y en la calle de la Feria. Pero es en el siglo XX cuando se produce la mayor transformación. La localidad adquiere el título de Ciudad por mandato de Alfonso XIII. En 1912 se inaugura el ferrocarril de Coín a Málaga y en la década de los 40 el pueblo se empieza a extender por vías nuevas que parten del núcleo central. Se construyeron calles más anchas y comenzaron a edificarse urbanizaciones como las de El Rodeo, Miravalle, las Flores y Las Palmeras. Este crecimiento urbanístico produjo un crecimiento demográfico importante. En la actualidad la ciudad se ha desarrollado urbanísticamente de una manera ordenada y ha sabido conservar su carácter de pueblo blanco andaluz.