Los vestigios neolíticos hallados en la Cueva de las Pulseras y de la Edad de los Metales en el Cortijo de Gonzalo dan muestra de la presencia del hombre prehistórico en estas tierras malagueñas. Por otro lado, las monedas y cerámicas halladas en el Cortijo de Moriscos, atestiguan los asentamientos romanos en Colmenar. Y por último, los utensilios para la fundición de medallas musulmanas encontrados en el Cortijo de Las Guajaras demuestran que los árabes también estuvieron aquí.
La toma de Vélez se produce en 1487 y años más tarde, en 1558 se habla de Colmenar en términos de Señorío. Tras muchos esfuerzos, la localidad consigue en 1777 su independencia. Su mayor esplendor lo alcanza en el siglo XIX cuando se convierte en cabeza del partido judicial de varios pueblos de la comarca de la Axarquía.