Las islas Comoras fueron originalmente colonizadas por gente de origen polinesio alrededor del siglo VI d.C. Sucesivas oleadas de mercaderes árabes e indios fueron llegando al archipiélago, que subsistía con el comercio de esclavos y especias. Los portugueses no llegaron a fijarse en ellas durante sus viajes por la zona en los siglos XVI y XVII. Fueron los franceses quienes a finales XIX las conquistaron una por una.
Tras la Segunda Guerra Mundial, Comoras -hasta entonces gobernada desde Madagascar- pasó a ser un territorio aparte, y en 1961 obtuvo autonomía interna. Tras un referéndum sobre el tema en 1974, Comoras -menos la isla de Mayotte, que prefirió seguir ligada a Francia- pasó a ser la República Federal Islámica de Comoras.
En 1978, el gobierno dictatorial de Ali Soilih fue depuesto por un grupo de mercenarios contratado por el antiguo presidente Ahmed Abdallah y por un rico empresario Comorano, ambos exiliados en París. El régimen de Abdallah, que declaró el estado unipartidista, cayó en 1989 y todo parece indicar que con la ayuda de Bob Deanard, el mercenario que le ayudó a conseguir el poder. Tras unas elecciones generales, tomó la presidencia Sahid Mohamed Djohar, que acometió diversas reformas políticas y económicas.
En la actualidad el país se rige por la constitución vigente desde 1992. El presidente actual es Mohammed Taki, elegido en marzo de 1996 y como primer ministro Tadjidine ben Said.