El origen de la ciudad se remonta a la época de los romanos, pero no es hasta la época árabe, concretamente en el año 784, cuando aparecen las primeras pruebas documentales. Cuando en antiguos documentos figura "al Kunka", posteriormente "Conca", un castillo musulmán, como centro urbano consolidado. En el año 1011 fue reconquistada esta localidad por el señor de Uclés que la convirtió en capital de la comarca. Su emplazamiento, en los más alto de la ciudad, desempeñaba, dada su clara situación estratégica, un papel defensivo.
No obstante la conquista del señor de Uclés no sería la definitiva pues los árabes, durante la época omeya volvieron a tomarla. Cuenca desarrolló en ese periodo una gran actividad agrícola y una industria textil que la transformaron en uno de los lugares más importantes del califato.
En el año 1177 vuelve a ser recuperada por las tropas de Alfonso VIII, siendo ya una zona fronteriza y tras nueve meses de asedio. Tras la conquista le son concedidos un gran número de privilegios entre los que destacan los de explotación de los pinares de la Serranía y la designación como sede epicopal.
En el siglo XII Alfonso X le concede el título de ciudad. Numerosas industrias se desarrollan durante la Edad Media, industrias del vidrio, textil, del papel, o de la acuñación de moneda.
En la Guerra de las Comunidades, tras la muerte de Felipe el Hermoso, Cuenca prestó su apoyo a Toledo en un principio, en la causa comunera, pero enseguida se lo retira para dárselo al rey Carlos I. Los jefes del movimiento comunero fueron envenenados y posteriormente ahorcados.
El comercio de lana, al que debe parte de su prosperidad la ciudad, comienza a declinar en el siglo XVII. Todo apunta como causa del declive al aumento del precio de la lana y su principal consecuencia fue un alarmante descenso de la población.
Durante la Guerra de la Independencia la ciudad fue tomada por los franceses, saqueada e incendiada. En julio de 1784 sufrio el asedio de las tropas carlistas, una de las tropas junto a las de Juan Martín el Empecinado, que intervinieron en su recuperación. Durante la tercera guerra carlista la ciudad volvió a ser asediada.
En el siglo XIX comienza el nuevo desarrollo de Cuenca, con la explotación de la madera.
Más recientemente dos acontecimientos relacionados con las artes plásticas merecen ser señalados. En 1978 se inaugura en la ciudad el Museo de Arte Abstracto, y en 1985 se instala la Facultad de Bellas Artes de la Universidad de Castilla La Mancha.
Cuenca comenzó así a salir de su letargo en la década de los 80, con un tímido resurgir económico y cultural.