Los vestigios encontrados en varias cuevas de la zona, sobre todo en la de Belda, demuestran la presencia del hombre prehistórico en Cuevas de San Marcos. La población actual se fundó en la época romana, cuando alcanzó bastante relevancia, como también lo hizo en el período de dominación árabe.
En 1801 los vecinos de la localidad piden al rey Carlos IV la independencia del municipio de Antequera, que alcanzan en 1806, cuando se concede a Cuevas el título de Villlazgo.