De acuerdo con los hallazgos antropológicos, El Salvador estuvo habitado por los Olmecas antes de que la civilización maya se estableciera definitivamente en sus territorios. Cuando los españoles arribaron a sus costas en el siglo XVI, el país estaba dominado, probablemente desde el siglo XII, por los indios pilpiles, pueblo náhuatl descendientes de la civilización tolteca y azteca.
Los primeros occidentales de los que se tiene noticia que pisaron el país, fueron un grupo de conquistadores españoles que, sin embargo, no dejaron constancia de su paso. Fue Pedro de Alvarado quien se asentó y conquistó el territorio. En un principio la economía se basaba en el cacao y demás productos agrícolas, en los que había poca rentabilidad económica para los aborígenes. Los bálsamos y los colorantes vegetales hicieron su aparición, impulsando débilmente la economía.
Una vez llevada a cabo la independencia de las Provincias Unidas de Centroamérica en 1823, los territorios que habían estado unidos bajo la corona española se disgregaron. Uno de ellos fue El Salvador.
A mediados del siglo XX, una subida en los precios del café, la caña de azúcar y el algodón dejó entrever los primeros atisbos de bonanza económica para el país. Se desarrollaron, entonces, los medios de comunicación, se produjeron los primeros cambios sociales, así como de la estructura urbana de las ciudades. Esta, más o menos próspera situación, se mantuvo hasta la cruenta guerra civil que asoló al país durante 12 largos años (1980-1992), con sus terribles pérdidas en vidas humanas y en recursos económicos.
En 1992 el conflicto armado llegó a su fin con el gobierno del presidente Alfredo Cristiani. En este mismo año el gobierno de El Salvador y el FMLN, Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional, suscribieron la paz con la firma de un acta, llamada Acta de Nueva York, que se firmó en México. La democracia se confirmó en las elecciones de 1994 devolviendo al país las esperanzas de progreso y paz.
El actual presidente, Elías Antonio Saca, jura su cargo el 1 de junio de 2004, siendo el tercer presidente elegido democráticamente desde el fin de la guerra civil.
En el año de 1998 algunos países de Centroamérica sufrieron las embestidas del Huracán Micht. Los destrozos y daños fueron innumerables, llegándose a afirmar que, por este terrible huracán, Centroamérica se había retrasado por lo menos 20 años.