La riqueza botánica está relacionada con la fauna, que representa cerca de 25 mil especies. A los más interesantes reductos cenozoicos y glaciares de la fauna pertenecen: la gamuza y la marmota montañosas y muchos pájaros e insectos. En Europa casi no existen cotos de caza tan abundantes como en Eslovaquia. Muy común es el oso (700 ejemplares), el lince, la marta, el lobo. A veces se encuentran la nutria y el visón europeo, el águila dorada y el halcón. Abundan también los ciervos, corzos y jabalíes. En la cota e Topolcianky vive el bisonte europeo, en las llanuras de la tortuga lagunera. Últimamente reaparece el castor y el anta nórdico.