La Mezquita de Bodrum está situada en el distrito de Eminonu, en el barrio de Aksaray, un kilómetro al oeste de las ruinas del Gran Palacio de Constantinopla. Era una antigua iglesia ortodoxa construida durante la época bizantina, que era conocida con el nombre griego de Myrelaion (Monasterio Myrdaion) o el lugar de mirra. Posteriormente la iglesia fue convertida en mezquita por el Gran Visir Mesih Ali Pasha en el año 1500, como parte de una campaña de conversión iniciada por Bayaceto II (1481-1512). La mezquita es ahora bien conocida por su nombre turco que significa sótano y el cual se refiere a su cripta, o también por el nombre de su fundador otomano, Mesih Pasha.
Los incendios causaron daños en la mezquita en dos ocasiones en 1784 y en 1911. Fue abandonada hasta 1930, cuando un equipo de arqueólogos encabezados por David Talbot Rice descubrió la cisterna de un antiguo palacio romano, mientras que estaban investigando el sitio alrededor de la mezquita. Un proyecto de reparación sin terminar iniciado por el Museo de Arqueología de Estambul en 1964-65 modifico la apariencia histórica de la mezquita mediante la sustitución de la mayoría de su albañilería exterior. En 1965, una excavación se centró en la infraestructura de la mezquita, dirigida por R. Naumann revelando huellas en las inmediaciones del Palacio Imperial. Luego, finalmente, en 1986, el edificio fue restaurado como una mezquita, junto con el aljibe que fue restaurado en la década de 1990 y el cual se utiliza ahora como un centro comercial subterráneo.