La mayor parte del país está cubierto de bosques de pinos y coníferas. La explotación forestal es importante. Se trata de un país predominantemente agrícola que produce importantes cantidades de productos como centeno, avena, cebada, patatas y lino.
Parque Nacional de Lahemaa
Es el mayor del país, con una superficie de 644 km2. Alberga zonas restringidas de valor ecológico como el pantano de Laukasoo de 7.000 años de antigüedad.
Parque Nacional de Karula
Que ocupa una gran extensión en el sur del país con inmensos bosques vírgenes, pequeñas granjas e iglesias medievales.
Parque Nacional de Soomaa
Pantano con árboles antiquísimos. Según la tradición local, Soonaa es el lugar preferido de las brujas.
Reserva Natural Endla
Se localiza al este de Paide. Se trata de una zona de humedales y senderos.
Zona Protegida de Hiiumaa
Se trata de la zona que rodea a la isla de Hiiumaa, donde se incluye la Reserva de la Biosfera del Archipiélago Estoniano. Este lugar es el hábitat de numerosas especies de animales como la cigüeña negra, jabalí, lince, etc.
Parque Nacional Lahemaa
Es el parque nacional más antiguo de Estonia (fundado en 1971) y comprende una zona costera salpicada de ríos, lagos, cascadas y caminos señalizados y acondicionados para la práctica del senderismo.
Reserva Natural de Matsalu
Se localiza en la costa oeste y es el hábitat de numerosas aves acuáticas.
Reserva Natural de Nigula
Se encuentra al suroeste de Estonia, cerca de la frontera con Letonia.
Reserva Natural de Silma
Cubre varias de las islas y de la región de Haapsalu en el oeste de Estonia.
Reserva Natural de Väinameri
La Reserva Natural de Väinameri abarca varios islotes del sudeste de Hiiumaa.
Reserva Natural de Viidumäe
Se localiza en Saaremaa y ocupa una zona boscosa que rodea el punto más alto de la isla.
Parque Nacional de Vilsandi
El Parque Nacional de Vilsandi está formado por pequeñas islas situadas al oeste de Saaremaa. Este paraje natural es un santuario de aves. Aquí crece una especie única de orquídea.