Los restos encontrados en los alrededores demuestran la existencia de pobladores en la época prehistórica, y en concreto en el Neolítico -final 3.000 años a.d.C.-. Durante la Edad de Bronce, la civilización o cultura del Argar, que se extendía desde Almería y Murcia hacia el Oeste, desarrolló una importante actividad ganadera, agrícola y metalúrgica en Frigiliana. Más tarde las tribus turdetanas ayudaron a la aparición de un productivo comercio que dio como resultado el asentamiento en la costa andaluza de fenicios, griegos, cartagineses y posteriormente romanos. Estos últimos denominaron a la población Frexiniusana, que significa ?villa de Frexinio?, y de donde procede su actual nombre. La caída del Imperio trajo la dominación por pueblos germánicos como los visigodos e incluso el control de estas tierras por Bizancio.
Con los árabes, la localidad alcanzó su época de mayor esplendor. La impronta árabe configuró el nacimiento del pueblo en su concepción urbana a raíz de la alquería que surgió a partir del siglo noveno y décimo al amparo de una antigua fortaleza. La alquería basó su existencia económica en la producción de aceite, pasas, higos y en la cría de gusanos de seda, de donde se obtiene el tejido. Los años de decadencia vendrían después de la dura batalla del Peñón de Frigiliana, cuando se expulsó a los moriscos y se repobló las tierras con cristianos viejos.
En los siglos XVII y XVIII se asienta definitivamente en Frigiliana la hegemonía de la Iglesia y de los Condes Manrique de Lara. También se crearon varias cofradías entre las que destacaron las de las Benditas Ánimas o la del Santísimo Sacramento. En 1752 se realizó en Frigiliana el Catastro de Ensenada, una especie de censo gracias al cual podemos conocer gran cantidad de datos de estimable valor sobre la población.
El siglo XIX fue especialmente aciago para Frigiliana ya que se sucedieron distintas epidemias de fiebre amarilla y tuvo lugar la invasión de las tropas francesas.