Los primeros pobladores de la localidad vivieron aquí hacia el siglo V a.C. Más tarde llegaron los íberos y ya en el siglo II a.C. los romanos descubrieron las propiedades medicinales de la Laguna Salada -muy próxima a la Fuente de Piedra -, y dotaron a la población de una gran importancia llamándola Fons Divinus.
Los árabes habitaron en la zona hasta 1461, cuando fueron expulsados por los cristianos. La zona quedó deshabitada casi un siglo entero, pero durante los siglos XVI y XVII Fuente de Piedra gozó de esplendor económico gracias a las propiedades curativas de sus aguas y al auge comercial que le siguió. Sin embargo, un siglo más tarde la laguna se secó y vinieron tiempos de decadencia para la población. Desde los años 80 del siglo XX se ha intentado mejorar la situación de la Laguna Salada y hoy en día se encuentra en muy buena situación, hasta tal punto que el pueblo entero ha tomado el flamenco como un símbolo y un impulsor de su desarrollo en el sector turístico.