Indonesia tiene una excepcional diversidad de plantas tropicales en sus variadas formas en las tierras bajas septentrionales del país y de hecho, los Jardines Botánicos de Bogor, conocidos como los jardines de Kebun Raya son famosos en todo el mundo. Entre los arbustos principales se encuentra el bambú y el árbol de teca y también los abundantes árboles frutales, como el mango o el plátano .
En la franja costera , hay amplia gama de la vegetación típica que se manifiesta en forma de mangles y marismas que, en las tierras más firmes del interior, ceden el paso a las selvas tropicales. Son éstas las que recubren la mayor parte de Borneo , Sumatra, Irian Jaya y Sulawesi .Los bosques naturales de Java Central van perdiendo densidad a medida que se avanzan en dirección sureste, en donde progresivamente aparecen las tecas y los eucaliptos. En cuanto de la vegetación en las islas menores de la Sonda son abundantes y muy similar a a la que aparece en la sabana.
En el interior del país se puede encontrar una gran variedad de vida animal como el buey salvaje de pequeño tamaño , es la especie más conocida y además existen los elefantes, que se encuentran en Borneo y Sumatra o los rinocerontes de Java , los Tigres, leopardos, numerosas clases de monos , lagartos , cocodrilos y serpientes de todos los tamaños se reparten por diversas zonas del territorio .
Una de las actividades que se ofrece a los viajeros, es la observación de aves y pájaros. El parque d eTaman Nasional Bali Bara, es una reserva natural que se encuentra repartida entre el lado occidental del norte de Bali y Lombak. Otras zonas son los lagos de Buyan y Tamblingan y la montaña Gunung Batukau. Estas zonas ofrecen especies únicas, como el Taman Burung.