Los trayectos en barco son más frecuentes que en avión. Los barcos salen desde Puerto Masusa, en la Av. de la Marina (3 kilómetros al norte del centro). Los trayectos suelen tener retrasos (a veces incluso de días). Hay barcos que salen a Pucallpa y Yurimaguas varias veces a la semana. Si el río no tiene mucha agua entonces se reducen los viajes. Conviene tener cuidado con el equipaje durante los ratos de espera en los embarques.