El aislamiento de las islas ha favorecido a lo largo del tiempo la aparición y pervivencia de numerosas especies endémicas, tanto en la fauna como en la flora. Por ejemplo, en el paisaje vegetal de la Serra de Tramuntana de Mallorca, existen numerosas especies endémicas, entre las que destaca la jara llamada popularmente Estepa Joana. También sobresalen un boj de reducida talla, diversas espinosas muy pequeñas como los "coixets de monja" o una col silvestre que encuentra refugio en espolones y paredes.
En Eivissa hay que nombrar a algunas plantas como la Silene Hifacensis, que demuestran una antigua relación de contacto de la isla con la costa del levante español.
En cuanto a la fauna, no podemos dejar de resaltar la variedad única de dos especies de lagartija: Podarcis lilfordi, en Menorca e islotes próximos a ésta y Mallorca, y la Podarcis pityusensis, en Eivissa y Formentera. Aunque también hay que nombrar al ferreret, un sapillo balear endémico objeto de estudio, ya que es un auténtico fósil viviente.