Su actual nombre deriva del término árabe ?hisnat? que significa ?castillos?. Esto hace suponer que la fundación de la localidad tuvo lugar en la época de la dominación árabe y que posiblemente fuese un punto estratégico de defensa durante la Reconquista. Como casi todos los pueblos de la provincia, tras la rebelión morisca, Iznate fue abandonado y repoblado más tarde por 59 familias de cristianos viejos del interior. Su desarrollo económico en siglos posteriores se debió a la producción de la uva, actividad que se dejó de practicar cuando en el siglo XIX una plaga de filoxera hizo que los agricultores abandonaran sus tierras.