En este lugar se ubicaba el asentamiento prerromano de Nertóbriga.
Su actual nombre es de origen árabe ("almunia" significa huerta) y también cristiano pues doña Godina era una rica heredera que cedió estas tierras a la Orden de San Juan en 1176.
Hasta el siglo XV existió junto al río Jalón una villa llamada Cabañas cuya población pasó a formar parte de la actual Almunia.
La fabricación de aceite y jabón son las industrias tradicionales de este lugar.