A lo largo de los ríos y junto al Lago Nyasa, predominan las selvas pluviales; en las tierras altas predominan los gigantescos baobabs y en las zonas más elevadas de montaña abundan los buenos pastos.
La superficie forestal representa casi el 19 del suelo, pero sólo es verdadero bosque en las zonas más húmedas por encima de los 600 metros de altitud. En el resto alterna el sotobosque y la sabana. En los márgenes de los ríos crecen numerosos árboles que se utilizan como madera.
El lago posee una gran riqueza piscícola, más de 200 especies conocidas de las que el 80 son endémicas del país. También a orillas del lago Malaui viven los hipopótamos y cocodrilos.