Ya existía en el siglo XVI a.C., en plena Edad de Bronce. Se sabe por Estrabón que fue uno de los Pueblos del Mar, pero Homero contradice esta hipótesis al afirmar que los fundadores fueron los carios.
Tras la invasión jónica se produjo el desarrollo de la ciudad, pero la posterior invasión persa hizo que Mileto tuviera que reconstruirse en el siglo V a.C. Fue entonces, tras la reconstrucción, cuando vivió una auténtica edad de oro. Pero, al igual que Éfeso y Priene, el fin de Mileto llegó con los aluviones del río en época bizantina.