El pueblo es de origen árabe. Su nombre podría venir del pueblo granadino de Moclín, quizás el lugar del que provendrían sus fundadores, aunque otros entienden que se corresponde al diminutivo de ?Moclin? lugar de distrito. Si bien, a finales del XV y durante el XVI fue conocido como Moclinetum, Mohinete o Molinillo. El episodio más llamativo de su historia tuvo lugar en 1482, cuando los musulmanes del término vencieron de forma aplastante a ls tropas cristianas del adelantado de Antequera, Don Pedro Enríquez. Desde entonces existe en Moclinejo un barranco que lleva el nombre de `Hoya de los Muertos` y una loma llamada ?Cuesta de la Matanza?, lo que nos da una idea del descalabro sufrido por los cristianos. En el siglo XIX, como otros pueblos de la provincia, sufrió el azote de la filoxera.