Se tiene conocimiento de que el Macizo de Montserrat estuvo habitado ya en el Neolítico pero los primeros asentamientos más estables son en torno al siglo X. Esta población llegó a asentarse alrededor de tres pequeñas ermitas: Tabor, Tebes y Tebaida. Un siglo más tarde, se fundaron los dos principales monasterios de la zona: el Monasterio de Santa Cecilia y el Monasterio de Santa María.
El conde Guifré, en el año 888, donó las cuatro ermitas (Santa María, Sant Iscle, Sant Pere y Sant Martí) al monasterio benedictino de Ripoll. La unión de las cuatro daría lugar al Monasterio de Montserrat, dedicado a la Santa María. Sin embargo, de los edificios originales sólo se conserva la ermita de Sant Iscle que puede verse en el interior del jardín del Monasterio.
El primer edificio con categoría de Monasterio fue mandado construir por el Abad Oliba, biznieto del conde. De él, queda la portada románica que ahora forma parte del atrio de la basílica. Hacia el año 1200, el Monasterio ya era uno de los principales centros de peregrinaje de España y Europa y esto se demuestra con la aparición de la primera cofradía. Jaume I el Conqueridor y su esposa pertenecieron a la Cofradía de la Virgen. A tanto llegó el fervor, que el mismo Rey llegó a decretar el perdón a todos los delicuentes que realizaran la peregrinación hasta Montserrat.
En 1409, Ripoll pasó a ser independiente. A finales de siglo, en 1493 perdió la independencia y se integró dentro de los dominios del priorato de Valladolid, San Benito el Real. Era por aquel entonces abad García Cisneros quien, al igual que su primo en otras zonas, impulsó el desarrollo cultural, religioso y social de los monjes a su cargo.
Con el descubrimiento de América llegaron nuevos debotos a Montserrat así como nuevas riquezas. Gracias a ellas el edificio románico fue sustituido por la Abadía actual. Sin embargo, los trabajos de construcción se extendieron durante varios siglos: la primera piedra se puso en 1590. En 1811, la Guerra de la Independencia acabó casi por completo con el edificio que se quemó. En 1860 se terminó la reconstrucción o restauración que estuvo acompañado por la "Reinaixencia", el renacimiento cultural catalán.
La defensa de la lengua y la cultura catalanas continuó siendo la prioridad del Monasterio, gracias al abad Escarré, durante la dictadura del General Franco. Hoy en día sigue siendo uno de los Monasterios más importantes de España (con casi cien monjes benedictinos) y un foco cultural en Cataluña gracias a las publicaciones de libros y revistas y a los estudios teológicos y musicológicos.