Se cree que la ciudad de Neas fue fundada por poblaciones sicanas en la colina de Mendola. Cuando los siracusanos la conquistaron, cambió su nombre por el de Neathon y adquirieron los usos y costumbres helénicas. Con los romanos fue conocida como Netum y en la época de la dominación árabe adquirió su actual denominación, Noto. En el año 1693 la ciudad fue destruida por un terremoto que afectó a toda la Sicilia sud-oriental. Los arquitectos Gagliardi, Vicenzo Sinatra y Paolo Labisi fueron los encargados de diseñar la estructura urbana de la ciudad.