Puerto Rico apenas conserva su vegetación natural original, que solamente se puede contemplar en las reservas forestales, muy inaccesibles por otra parte.
Los paisajes naturales de la isla están condicionados por el clima y presentan grandes diferencias entre la costa atlántica norte, húmeda y tropical, la costa caribeña sur, con un paisaje semidesértico donde crece el cactus, la yuca y el maguey y, por último, el suroeste, en el que los manglares han creado un singular sistema de canales.
Un punto culminante de la belleza natural de Puerto Rico es el bosque pluvial El Yunque, única reserva tropical del Caribe. Con sus 113 kilómetros de extensión es lo único que hoy queda del bosque húmedo que cubría en otros tiempos gran parte de la isla. Este bosque recibe más de 370.000 millones de litros de agua cada año, y crea una frondosa selva con una gran variedad de plantas de increíbles proporciones. Se puede recorrer a pie o a caballo y contemplar 240 especies de árboles, 50 especies de helechos, 20 variedades de orquídeas silvestres y múltiples tipos de flores, entre ellas la maga, la flor nacional.
Otro singular ambiente ecológico se encuentra en la isla de Mona, muy cerca de la costa oeste de la isla. Igual que las Galápagos, esta pequeña isla virgen conserva especies animales y vegetales únicas en todo el mundo.
En cuanto a la flora, entre las especies únicas de la isla destacan una pequeña rana llamada coqui, que ha sido elegida como mascota nacional, la paloma de Puerto Rico, la cotorra ciega, la culebra ciega de la isla de Mona, la iguana rinoceronte de Mona, el tinglar, y las tortugas carey y bastarda.
El mundo submarino es una de las grandes riquezas naturales de la isla. Una experiencia inolvidable es visitar una de las bahías fosforescentes donde millones de microorganismos dinoflagelados irradian un resplandor iridiscente en las aguas nocturnas.