Los primeros datos históricos sobre un asentamiento poblacional en esta zona datan del siglo VIII, época en la que llegaron los árabes procedentes del norte de África a estas costas. Sin embargo, se cree que la zona estuvo habitada tiempo atrás por otros pueblos. Los árabes enriquecieron durante siglos esta zona con su cultura y tradición hasta el siglo XIII. El poblado de San Juan recibió su nombre en el año 1244, fecha en la que se construyó la iglesia de San Juan Bautista sobre una antigua mezquita. La localidad fue defendida de los ataques piratas del siglo XVI por numerosas torres vigía que se levantaron en su costa. San Juan dependió de la capital hasta finales del siglo XVIII en la que junto con la localidad de Benimagrell adquirió la dependencia administrativa de Alicante.