Esta localidad estuvo habitada ya en la época romana, como así lo muestran los restos de villas, monedas y salinas del Cotorrillo. Sin embargo, hasta el siglo XVII no adquirió su denominación actual. Fueron unos pescadores los que levantaron un pequeño templo en un bosque de pinos y bautizaron el lugar con el nombre de `El Pinatar`. El templo se dedicó a San Pedro y desde entonces la villa adquirió el nombre de San Pedro del Pinatar.