Los primeros restos de actividad humana que se conservan en este lugar datan de unos 6.000 años atrás, cuando las tribus nómadas dejaron tras de sí flechas, pinturas y objetos de cerámica.
Los indios Pueblo ocuparon el valle de Taos aproximadamente en el año 1100. En el año 1350 ya se habían establecido algunos de los asentamientos que existen en la actualidad.
El año 1540 los primeros españoles llegaron siguiendo el Río Grande hasta el valle. En 1598 el explorador Juan de Oñate mandó a Fray Francisco de Zamora como director de la Misión de San Jerónimo.
A principios del siglo XVII varias familias españolas se habían instalado en la zona. La huella dejada por los españoles en la arquitectura (introdujeron el adobe, el uso de la rueda, etc.), la agricultura y la religión está todavía presente.
En 1680 los indios Pueblo protagonizaron una revuelta para defender sus rasgos de identidad y sus manifestaciones religiosas. Alrededor de 2000 españoles tuvieron que huir. Regresaron en 1696, al mando de Don Diego de Vargas, quien repobló la zona.
En el siglo XVIII se realizaron varios asentamientos hispanos en los alrededores de Taos Pueblo. En 1796 la ciudad de Taos fue fundada por Don Fernando de Taos.
En 1821 Méjico logró la independencia de España, años antes Taos se había convertido en el refugio de partidas de hombres de la montaña como el mítico Kit Carson, casado con una lugareña.
El primer periódico al oeste del Mississippi fue fundado por el Padre Antonio José Martínez en Taos.
Otros hechos históricos acaecidos en el siglo XIX fueron el asesinato de Charles Bent, el primer Gobernador Civil estadounidense durante una revuelta en el año 1847. Un año más tarde se firmó el Tratado de Guadalupe Hidalgo que puso fin a la Guerra entre Méjico y Estados Unidos, pasando Taos a formar parte de los Estados Unidos.
En 1898 los artistas Phillips y Blumenschein descubrieron accidentalmente este lugar (al tener que reparar una rueda de su carro) y fueron los primeros de una creciente lista de artistas que decidieron establecerse en Taos: Ansel Adams, Willa Cather, Georgia O´Keeffe o D. H. Lawrence son algunos de los personajes relevantes en el mundo de las artes o las letras que pasaron algún tiempo en Taos.
En el siglo XX Taos se ha convertido en un centro turístico con una amplia oferta cultural y deportiva: en los años cincuenta se inauguró el Taos Ski Valley, dedicado al deporte de la nieve.
En los años siguientes se construyó un gran puente colgante para que la autopista atravesara el Río Grande. En 1970 el Gobierno devolvió el lago sagrado (el Blue Lake) al Pueblo Taos.