Túnez cuenta con una variada flora y fauna debido a la gran variedad de microclimas con que cuenta y que van desde los desiertos arenosos, pasando por lagos salados, hasta las zonas costeras donde se distinguen algunas islas
En cuanto a la fauna tunecina, las especies de gran tamaño como los leones del Atlas, panteras, avestruces, antílopes oryx, carneros salvajes o elefantes se han extinguido desde hace mucho tiempo. En cuanto a las especies de guepardos, hienas rayadas, ciervos de Berbería y búfalos se encuentran reducidos a unos cuantos ejemplares y bajo estricta protección del Gobierno tunecino
En la zona norte en Tabarka y la Sierra de Kroumir habitan jabalíes, zorros, liebres, chacales, gatos salvaje y jinetas. En Nabeul y Hammamet se encuentran distintas especies de zorros, chacales, liebres, codornices y jabalíes. Por el contrario en las regiones meridionales, zonas desérticas o predesérticas habitan fenec, gerbos del desierto, temidos escorpiones, peligrosas víboras cornudas, numerosas especies de serpientes y zorreigs, al que temen especialmente los nómadas, y los camaleones. En cuanto al famoso mono magot sólo puede verse en los chotts meridionales.
Una de las especies más características y apreciadas por los tunecinos es el dromedario, introducido desde Asia hace más de 1.500 años. De esta especie se aprovecha la piel, la grasa, el agua, los excrementos para el fuego y la construcción de las chozas, la orina, la leche y la carne, además de ser un inmejorable medio de transporte para atravesar los áridos desiertos.
Sin embargo, lo más interesante de Túnez es su ornitofauna, con más de 400 especies de aves. En los lagos existen multitud de anátidas, limícolas, flamencos o estorninos, que en primavera crían en las áreas meridionales de los chott. Cabo Bueno acoge una gran riqueza de pájaros diversos como ratoneros o halcones. Mientras que las garcetas, los chorlitejos patinegros, los tarros blancos y las gaviotas viven de manera permanente en Túnez. Las aves migratorias como las cigüeñas o las golondrinas pasan todo el invierno en el país. En la época de la migración los cielos tunecinos ofrecen un espectáculo impresionante con miles de aves volando hacia su destino.
En cuanto a la flora, en la zona del norte del país, sobre todo de la costa oriental y septentrional, la flora es de tipo mediterráneo. Entre las muchas y llamativas plantas subtropicales se encuentran los hibiscos, buganvillas, aromáticos jazmines, cítricos, olivos y vides.
En la sierra norte de Kroumir, prevalecen bellos bosques poblados en los que crecen los redondos alcornoques y las grandes encinas, mientras que en la zona de Mogod, crecen plantas típicas del maquís como los helechos, los brezos y las retamas.
En la zona de Tabarka predominan los bosques con árboles variados como dules, álamos, sauces y helechos. En las regiones altas del Atlas dominan sobre todo los enebros y los pinos de Alepo.
En la zona cercana a la capital y hacia el sur, hasta Nabeul y Hammamet, en Cabo Bueno, predomina la variada y llamativa flora de cultivo como jazmines, magnolias, geranios, viñedos, naranjos y limoneros.
En la zona central, conocida como el Sahel, las bonitas palmeras datileras son la imagen dominante. En la zona más occidental, hacia la frontera con Argelia, predominan los valles cultivados de esparto, mientras que en las regiones aledañas a Monastir y Sousse se dan los hibiscus, geranios, jazmines y olivos.
En la zona sur, En la Isla de Djerba se pueden contemplar palmeras y una gran variedad de árboles entre los que se encuentran olivos, higos, granados, algarrobos, manzanos y melocotoneros. En Gabes se pueden admirar las hermosas y diversas flores todas ellas propias de las arenas, de las dunas o de los lechos arcillosos de los ríos. Hacia el sur de Chott El Djerid se encuentran algunas plantas propias de las altas mesetas del Serif. Ya en la zona desértica lo que predominan son las dunas, sin ningún tipo de vegetación.