La flora en Uganda es exuberante debido a las frecuentes y copiosas precipitaciones. Muchas riberas pantanosas están flanqueadas por grandes extensiones de papiros. Los bosques son numerosos y de tipo ecuatorial, árboles de tronco alto, lianas, plantas parásitas y un denso sotobosque.
En las zonas más altas aparecen los pastos y en alta montaña los helechos arbóreos y lobelias. En las regiones del norte donde las lluvias son poco frecuentes se da la estepa de arbustos espinosos y acacias.
La fauna se encuentra protegida en los Parques Nacionales. En el Parque de Reina Isabel entre los lagos Eduardo y Jorge se concentran gran cantidad de hipopótamos y aves como el avestruz, loros y cigüeñas. El Parque Murchison alberga elefantes, hipopótamos, búfalos, rinocerontes y cocodrilos. Otros animales pertenecientes a la fauna ugandesa son el chimpancé, cerdo salvaje, okapi, jirafa, cebra, gorila, onagro, antílope y oso hormiguero.