Hay constancia de que ya en el siglo XI habían llegado a este lugar los benedictinos, que construyeron un pequeño monasterio junto a una ermita, con referencias a la aparición de la Virgen en el hueco de un roble en tiempos del rey visigodo Leovigildo. Esta Virgen tallada en madera con toques de arte románico y bizantino atrajo el interés de Santo Domingo de la Calzada y de Santo Domingo de Silos. También acudió allí en peregrinación la reina Isabel La Católica en 1.482. En el 1.072 el rey Sancho de Peñalén hizo al monasterio importantes donaciones. Alfonso VI en 1.092, le otorgó comunidad de pastos con Matute, Tobía, Anguiano, Nájera y el Valle de Ojacastro. Durante la Reconquista el monasterio fue foco de devoción y cultura. Más tarde fue saqueado y arrasado por las tropas de Napoleón y restaurado por los monjes.