La presencia humana en la zona de la actual Villanueva de Algaidas se remontan a las edades del Cobre y el Bronce. Testigos de este período son las cuevas excavadas en la roca en la Necrópolis de los Alcaides. Sin embargo su fundación como villa tiene lugar en el siglo XVIII, gracias a la construcción de un convento franciscano en terrenos cedidos por el Duque de Osuna.
Con el tiempo los pequeñísimos núcleos de población que se formaron alrededor del convento se adjuntaron en lo que hoy se conoce como Villanueva de Algaidas.