En el siglo XIX comenzó la exploración de franceses, ingleses e italianos. La colonia fue llamada la Somalia Francesa y se crea a finales del siglo XIX por motivos políticos, para nivelar las operaciones inglesas e italianas. Las primeras fuerzas francesas desembarcan en el Golfo de Tadjoura en 1884 y cuatro años más tarde se fijan los límites con la Somalia Británica; en 1897 con Eritrea, y en 1900 con Etiopía.
La Independencia de Yibuti Ante las peticiones de independentistas de somalíes e issas, las autoridades francesas se apoyan en los afar, aunque éstos son minoría. Así, en 1958 les dan el control del gobierno. Pero ante la continuidad de las reclamaciones, en 1966 De Gaulle celebra un referéndum que ganan por más de un 60 los partidarios de Francia, y que fue criticado por la oposición por fraude. Las presiones de los independentistas y de organizaciones supranacionales africanas la Liga Arabe desembocan en la independencia de 1977. Pero el país está en el centro del huracán debido a su posición estratégica en el Estrecho de Bad al-Mandab, y en nuestros días sirve de base para tropas americanas e italianas.
Desde 1991 Yibuti está dividido en dos por la guerra civil, en la que los afar reclamaban elecciones multipartidistas. En 1992 se aprueba una nueva constitución y se celebran elecciones,