Croacia cuenta con ocho Parques Nacionales, cinco en la costa y dos en el interior, que conforman el 7,5% del territorio nacional, habiéndose propuesto el gobierno croata en alcanzar una superficie del 14%.
Croacia presta especial atención a la protección y conservación de la naturaleza, así como de la extraordinaria riqueza de su flora y fauna, en la que destacan los Bosques de Risnjak, la Cordillera de Velebit y los Lagos de Plitvice.
En la limitada superficie de Croacia crecen más de 4.300 especies de flora, mientras que en el Adriático abundan centenares de especies de peces y mariscos. Hacia el sur, las islas son famosas por sus cultivos, en particular el de la vid, convirtiéndolas en verdaderos oasis de vinos de gran calidad. Tampoco faltan los olivos, los higos y las hierbas aromáticas, de las que se obtiene un delicioso aguardiente.
En cuanto a fauna, destacamos la presencia de lobos, gatos monteses, osos y nutrias, a los que se suman varias especies de aves como águilas, halcones, lechuzas, garzas, reales y grullas. En la Isla de Cres es uno de los últimos lugares donde todavía habitan los buitres de cabeza blanca.
Croacia cuenta con dos especies endémicas: la llamada víbora común y la víbora de nariz cornuda, ambas venenosas.