Conocida anteriormente como el monasterio de Constantino Lips.La mezquita de Fenari Isa se encuentra en el lugar de intersección entre la Avenida Vatan y la avenida Halacilar, a diez minutos caminando de la Plaza de Aksaray. El edificio fue originalmente una antigua iglesia durante el período bizantino y se convirtió en una mezquita en la época otomana.
El edificio consta de dos ex iglesias Ortodoxas. La iglesia sur se convierte primero en una pequeña mezquita en los años de 1497 a 1498, bajo el reinado de Beyazid II, en el cual se construyó un minarete en el ángulo sureste y también se añadió un mihrab en el ábside. La mezquita tiene su nombre de uno de los predicadores de la cabeza de la madraza que se llamaba Isa (“Jesús" en árabe y turco).
Los incendios quemaron el edificio en el año de 1633. Fue restaurada en 1636, el Gran Visir Bayram Pasha, fue quien ordenó los trabajos de restauración del edificio lo cual contribuyo a mejorar la mezquita y convirtió la iglesia del Norte en una Tekke (un centro de retiro sufí para los derviches además de servir de hospedaje). En ese momento, las columnas de la iglesia del norte también fueron sustituidas por muelles, la decoración de mosaico fue removida y las dos cúpulas también fueron reparadas. La restauración del complejo en los años de 1847 a 1848, después de un segundo incendio, resultó en las columnas de la iglesia del sur hasta ser sustituidas también por muelles. El último incendio se desató en 1918 y causó daños a todo el edificio. La edificación fue abandonada durante muchos años, hasta que en 1960 la mezquita fue restaurada y reabierta al público.