La mezquita de Zeyrek se construyó a partir de dos iglesias ortodoxas y una capilla que existían siglos antes. Y después de Santa Sofía fue el edificio cristiano más grande que hayan construido los bizantinos el cual aún existe en la actualidad en la ciudad de Estambul. Se encuentra ubicada en el distrito de Fatih el cual es uno de los distritos más grandes de la ciudad sin embargo es un barrio pobre y popular del que la mezquita ha tomado su nombre sin embargo dicho barrio no deja de ser pintoresco.
La emperatriz bizantina Irene Comneno construyó en este sitio un monasterio dedicado a Cristo Pantocrátor aproximadamente entre los años 1118 y 1124.
Tras la muerte de su esposa en 1134, el emperador Juan II Comneno construyó otra iglesia al norte de la primera, dedicada a Theotokos Eleousa quien era conocida como «la misericordiosa». Esta iglesia estaba abierta al pueblo y era atendida por un clero laico.
Poco después de la caída de Constantinopla el edificio fue convertido en mezquita
Los otomanos lo renombraron en honor de Molla Zeyrek, un erudito que enseñaba en el lugar.
ARQUITECTURA DE LA MEZQUITA DE ZEYREK
En conjunto, la estructura de la mezquita de Zeyrek o monasterio de Pantocrátor, refleja el ejemplo más típico de la arquitectura del período medio bizantino en Constantinopla. En el sur y el norte de la iglesia hay una cúpula con planta de cruz. Los ábsides son poligonales con siete lados y con ventanas ojivales de triple flanqueado por nichos. La iglesia del sur es la más grande y tiene al este la esonarthex que se extiende hasta la capilla imperial. Está cubierta por dos cúpulas, una sobre la naos y el otro sobre la matroneum (una galería superior separadas para las mujeres) del pórtico. La rica decoración de la iglesia desapareció casi por completo y sólo algunos fragmentos de mármol en el presbiterio, además de un hermoso suelo de opus sectile realizado con mármoles de colores donde se representan figuras humanas y animales, sobreviven hasta hoy. Además, algunos fragmentos de vidrios de colores están allí, y sugieren que las ventanas de la iglesia estaban hechas de vidrio de color con figuras de santos.
La capilla imperial está cubierta por bóvedas de cañón y también está coronada por dos cúpulas. La iglesia del norte se caracteriza por su friso de curvas con un diente de perro y escenas de triángulos a lo largo de la línea de aleros. A diferencia de la de la iglesia del sur, la del norte, tiene una sola cúpula.