Fundada en 1550 por el rey sueco Gustavo Vasa fue levantada para competir como puerto mercantil contra Tallin (Estonia). Sin embargo no llegó a superar si quiera a la tradicional capital de Suecia, Turku, a quien los escandinavos denominaban Abo.
Dos siglos más tarde, en 1809, Suecia comenzó a debilitarse debido a las Campañas Napoleónicas, lo que hizo perder el dominio político sobre Finlandia que pasó a pertenecer a Rusia. El zar (Gran Duque) decidió llevar a la ciudad el Ducado Autónomo de Finlandia gracias a su mayor proximidad y a estar situada en la costa báltica. El crecimiento urbano floreció hasta el primer tercio del siglo XX que culminó con la independencia de Finlandia en 1917, pasando a ser Helsinki la capital.
Durante la Segunda Guerra Mundial sufrió graves deterioros ocasionados por los bombardeos rusos. Pero los fineses con su trabajo y ahínco lograron reconstruir la ciudad que se vio engrandecida por el ensanche del área metropolitana con la anexión de las poblaciones periféricas de Vantaa, Espoo y Kauniainen.
En 1952 fue elegida sede para los Juegos Olímpicos convirtiéndose en la ciudad más pequeña que albergaba dicha competición internacional.
En 2000 fue declarada Capital Europea de la Cultura. Hoy día Helsinki es considerada la tercera ciudad de Europa y quinta del mundo con mayor calidad de vida.