Honduras, como otros países centroamericanos, ha decidido llevar adelante una política de protección medioambiental con la creación de parques y zonas naturales protegidas. Honduras posee en la actualidad un total de 40 áreas protegidas. Algunos de los animales más interesantes de Honduras están en peligro de extinción, debido principalmente a la pérdida de su hábitat. La guara roja o guacamaya es el ave nacional de Honduras y está en las listas de animales con riesgo a desaparecer, como los manatíes y los jaguares. La guacamaya, cuyo nombre científico es ara macao, se alimenta principalmente de néctar, raíces, frutas, nueces y cereales. En realidad, se trata de un ave endémica en toda América Latina, pues habita desde México hasta Bolivia.
El venado cola blanca es también un símbolo nacional de la fauna hondureña. Habita en las tierras llanas y en las sierras ricas en vegetación. Es un animal tímido y escurridizo que sale de noche en manadas de pocos ejemplares. Se trata de un rumiante que suele alcanzar los 40 kilos de peso, mide aproximadamente 70 centímetros de ancho por 140 de largo.
Honduras es un lugar ideal para la observación de aves migratorias y autóctonas, en el que se cuentan por cientos las diferentes especies. Quetzales, tucanes y multitud de loros y papagayos de colores brillantes hacen las delicias de los aficionados a esta práctica en cada uno de los diferentes parques nacionales del país.
En las costas, sobre todo en la zona del Caribe, abundan las palmeras. Como en la mayoría de los países situados en el trópico, Honduras disfruta de una riquísima variedad de frutas y de flores exóticas. Las plantas textiles como el algodón o la payaca son las más comunes. También posee un gran número de plantas medicinales como la achicoria, el apazote y el bálsamo de tolú. Como árboles productores de goma y resina se cultivan, principalmente, el espino blanco y el palmacristi.