Fue descubierto el país en 1500 por un portugués y ya en aquel momento estaba dividida en pequeños reinos. Pronto fue objetivo de portugueses, holandeses e ingleses como escala en la ruta hacia la India. Los franceses intentaron en 1643 una colonización que fracasó en 1674.
Durante el siglo XVII, los sakalava dominan la mitad occidental de la isla, decayendo 100 años después. En el siglo XVIII, los mestizos de la costa oriental fundaron el reino de Betsimisaraka. A finales de este mismo siglo los merina aparecen y dominan la isla, excepto la región del sur y del oeste donde están los sakalava. Los franceses imponen su protectorado a los sakalava.
La independencia de Madagascar sólo era viable mientras los intereses de Francia e Inglaterra se contrapusieran. En 1895 los franceses declararon oficialmente su protectorado.
En la 10 Guerra Mundial surge el nacionalismo y a partir de la derrota de Francia en 1940 aparece el desprestigio que desembocará en el alzamiento posterior en 1947.
El 26 de junio de 1960 se consigue la independencia.