A lo largo de todo el año se mantiene húmedo y caliente, sin contar con las zonas montañosas. Al estar cerca del Ecuador, las temperaturas no bajan de los 20º C durante la noche y superan los 30º C en las horas de más sol. Las diferencias entre la temporada seca y la de lluvias (de octubre a marzo) solo se notan ligeramente en el este y en Borneo, siendo las lluvias una constante en todo el país.
La media de lluvias es de 2500 mm anuales en la zona peninsular y de 5000 mm en la parte de Borneo. Eso significa que el viajero debe estar preparado para que le llueva en cualquier momento de su estancia, sobre todo en el sur, aunque la zona costera es seca en la estación cálida. En la zona de Sarawak, en Borneo, entre octubre y marzo es cuando más llueve, algo que también sucede en Sabah. Por el contrario, la costa oeste tiene más precipitaciones entre los meses de mayo y noviembre.